Con el nuevo siglo, en la temporada 2000/2001 se producen importantes novedades. Tano deja la dirección técnica de la EWZ, de la que se había ocupado desde la creación de la misma, que pasa a manos de Francisco J. Orizo. También deja la Escuela Ignacio Fumanal y en su lugar se hace cargo de los más pequeños Alba Laborda. Se empiezan a notar las restricciones ya que ese año el cuadro técnico se reduce a esos dos entrenadores a pesar de contar con 80 jugadores. Entre las incorporaciones más destacadas citaremos las de Victoria Barrios y Clarisa García. En categoría masculina se interviene en los campeonatos de Aragón en las categorías Juvenil, Cadete e Infantil, siendo segundos en esta última después del Olivar. En la femenina se juegan los regionales absolutos, cadete e infantil únicamente con equipos de la EWZ. Nuestros alevines fueron terceros en el campeonato regional.
El equipo femenino participó en el Trofeo Villa de Madrid con La Latina, Concepción y Moscardó, siendo tercero después de perder con La Latina, empatar con Concepción y ganar a Moscardó. En Bomberos se organizó un torneo nacional femenino que consistió en un doble encuentro con Sant Andreu, con una victoria para cada equipo y se realizó el tercer Memorial Marta Escanero en el que fuimos segundos detrás de La Latina de Madrid y por delante del C.N. Granollers. Nuevo trofeo Rafael Feliz, ese año con 4 equipos de la EWZ y trofeo Prater con 7 equipos, 4 de la EWZ, el Old Star, el Brilan y otro formado por nadadores del Stadium Venecia.
David Blas, Víctor Cartiel, Mario García, Alejandro Salas y Juan J. Sanz formaron parte del equipo de Aragón que consiguió el quinto puesto en el campeonato de España Infantil por federaciones territoriales celebrado en Cádiz. Los buenos resultados a nivel nacional de nuestras jugadoras se vieron recompensados con la presencia de Beatriz Ajovín, Lucía Escanero y Patricia Prat en una preselección del equipo nacional juvenil femenino. De las tres, Patricia acudió a un torneo internacional en Itea (Grecia) y posteriormente al Campeonato de Europa juvenil femenino celebrado en Manchester, siendo nuestra primera jugadora internacional (en chicos ya lo había sido Francisco Orizo) y el primer deportista de la EWZ en acudir a un europeo. La Federación Aragonesa de Natación le concedió esa temporada el título de Mejor Deportista Femenina y el Premio Manuel Molinero.
A nivel nacional, nuestro equipo femenino realizó una gran temporada en la Liga de Primera División. Estuvo a punto de alcanzar el puesto de promoción, empatando con Sant Andreu en un partido y ganado otro a Moscardó que fueron los equipos que subieron a División de Honor. Al final tercer puesto con 22 puntos perdiendo únicamente dos partidos en toda la competición. En el Campeonato de España Juvenil Femenino que por vez primera se celebró esa temporada en Barcelona a nivel de clubes se obtuvo un gran resultado: Lucía Escanero, Casandra Pérez, Patricia Prat, Beatriz Ajovín, Ana Laga, Adriana Martínez, Iris Laborda, Rebeca García, Isabel Prat, Marta Prat, Ana C. Puerto, Lorena Feliz, y Alicia Montaner consiguieron la medalla de bronce en ese campeonato, última conseguida por el waterpolo aragonés en grupos de edad a nivel de clubes, después de ganar a Sant Andreu y Rubí, empatar con La Latina y Concepción y perder con Mediterrani en el último partido donde se tenía posibilidad de alcanzar incluso el campeonato, pero en este último equipo se consagró una tal Blanca Gil, hoy en día una de las mejores jugadoras del mundo, que impidió la gesta. La participación en ese campeonato no estuvo exenta de dificultades y fue debida a un empeño de Rafael Feliz, que por aquel entonces ya estaba enfermo y aun tuvo fuerzas para acompañar al equipo a Barcelona, que inscribió al equipo por su cuenta gracias a sus influencias a nivel nacional. Como no había financiación, las jugadoras se tuvieron que pagar su participación en el campeonato. Una semana más tarde, nuestro club volvió a organizar el Campeonato de España junior Femenino, esta vez en el Parque Deportivo Ebro. La EWZ presentó un equipo competitivo, capaz de volver a luchar por otra medalla, pero esta vez la suerte se mostró esquiva y, aunque por diferencias mínimas, se perdieron todos los partidos y el equipo se quedó en octava posición dejando pasar una gran oportunidad de lograr un gran resultado.
El ultimo día del campeonato junior, después de haber estado presente en todos los partidos y haberlo vivido intensamente, Rafa llegó a su casa tremendamente agotado y tuvo que ser ingresado en el Hospital Clínico. Este fue el último torneo de waterpolo que pudo presenciar ya que el 8 de agosto fallecía en Zaragoza a la edad de 73 años, cumplida una de sus mayores ilusiones de los últimos años: ver a su nieta mayor, Patricia, en el equipo nacional juvenil en el Campeonato de Europa y al equipo juvenil de la Escuela de Waterpolo de Zaragoza, en el que jugaron cuatro de sus cinco nietas, obtener una medalla en el primer Campeonato de España Juvenil Femenino celebrado por clubes. La EWZ perdía a una gran persona que había sido un motor fundamental en su creación y desarrollo y al que nunca hemos olvidado.