En la temporada 2003/2004 llegamos a los 20 años de actividad de la EWZ. Se mantiene Francisco Orizo como director técnico, con la ayuda de Edurne Gracia y Lucía Escanero que se incorpora ese año. Sigue creciendo el número de jugadores que llega a 98. Posiblemente esa temporada, por los resultados globales conseguidos, haya sido una de las mejores de la historia de la EWZ. Participamos en todos los campeonatos oficiales que programa la FAN, destacando, en categoría masculina, el título conseguido en el campeonato de Argón juvenil y los segundos puestos en los campeonatos junior e infantil. En la femenina, como siempre, sólo intervinieron equipos de la EWZ en las categorías absoluta, juvenil y cadete, y en la categoría alevín mixta se consiguió de forma brillante el título regional, ganando con autoridad todos los partidos.
En lo que hace referencia a la competición nacional, los chicos disputaron en Madrid la fase preliminar del campeonato juvenil, en la que después de ganar a Jerez y Santoña y perder con Ondarreta, se clasificaron para disputar los puestos 1 al 4 de dicha fase. Dos derrotas ajustadas ante Cuatro Caminos y, de nuevo, contra Ondarreta nos relegaron a la cuarta plaza final. En las mismas fechas, en Alcorcón, nuestras chicas juveniles disputaban la final del Campeonato de España, donde consiguieron un brillante 5º puesto, después de perder con Sant Andreu y Mediterrani y empatar con Cuatro Caminos en la primera fase y, en la lucha por los puestos 5 al 8, derrotar a Concepción y, de nuevo, a Cuatro Caminos, equipo en el que se dio a conocer Laura López una de las mejores jugadoras nacionales en la actualidad. Victoria Barrios consiguió el trofeo a la máxima goleadora del torneo gracias a 16 magníficas vaselinas. En el nacional junior femenino, jugado también en Madrid, nuestra jugadoras se clasificaron en octava posición.
Pero la gesta de la temporada, y una de las mayores logradas hasta la fecha en el waterpolo nacional, la protagonizó nuestro equipo "absoluto" femenino que en la misma temporada consiguió ganar la fase Preliminar, que daba derecho a jugar la Primera División y, a continuación, conseguir el ascenso a la máxima categoría nacional, la División de Honor. En la fase Preliminar, organizada por la EWZ en Bomberos, se consiguió el primer puesto al ganar todos los partidos con autoridad, excepto el último con la Universidad de Málaga en el que los nervios atenazaron a nuestras jugadoras y sólo consiguieron un empate, aunque sabedoras de que su mejor diferencia de goles les daba el pase a la Primera División, al final del encuentro se limitaron a controlar el partido y asegurar el resultado. El fuerte ritmo de entrenamientos llevado por el equipo para recuperar la categoría se puso de manifiesto en la Primera División que comenzó inmediatamente después de la Preliminar. Se comenzó con una esperada derrota en el primer partido en Gerona pero a continuación se encadenaron una serie de victorias ante el resto de los equipos, Mataró, Dos Hermanas, Concepción y Martorell, que nos llevan el primer puesto de la clasificación al final de la primera vuelta. En la segunda, se empata con GEIEG en Zaragoza y aparece el cansancio del duro trabajo y también los continuos cambios de jugadoras en cada partido debido a los intercambios escolares y ya sólo se gana a Concepción. A pesar de todo se llega a la última jornada a Martorell con posibilidades de lograr el ascenso. Allí se juega el peor partido de la liga y se pierde de cuatro goles, pero cuando todo parecía perdido, recibimos la noticia de que en esa jornada los tres primeros clasificados hasta el momento perdieron con los tres últimos y, de esta manera, se consiguió un ascenso a División de Honor, que en principio no entraba en los objetivos de la temporada, pero que, después de haber estado durante toda la competición en puestos de ascenso, hubiera sido un duro golpe no haberlo logrado. Destacar que la media de edad del equipo era de unos 17 años, el más joven de la categoría.
El 20 aniversario propició una intensa actividad con la organización de los correspondientes torneos conmemorativos. En categoría masculina intervinieron el C.W. Brilan, la U. Saint Bruno de Burdeos y la EWZ. Nuestros chicos se llevaron el trofeo al ganar sus dos partidos y Juan J. Sanz el correspondiente al máximo goleador. En categoría femenina los participantes fueron la U. Sant Bruno, el C.N. Sant Feliu, el C.N. Leioa y la EWZ, quedando nuestras chicas en tercera posición al perder con el equipo francés y las catalanas y ganar a las vascas.
Esa temporada fue también una de las más activas en la participación en torneos amistosos. Los chicos de categoría absoluta jugaron el torneo de Navidad en el Olivar, los cadetes los juegos Acedyr contra Canoe y Pamplona, y también disputaron el trofeo de Reyes que organizaba el Stadium Casablanca. En categoría femenina, previa a la fase preliminar, jugaron varios encuentros en Cataluña, ganado todos ellos. Fueron invitadas al Torneo "Ciutat de Cerdanyola" en la Universidad Autónoma de Barcelona, consiguiendo el primer puesto y donde Beatriz Ajovín logró el trofeo a la máxima goleadora y Lucía Escanero el de mejor portera. Nuestras cadetes jugaron un torneo en Mataró y el infantil mixto fue invitado al torneo "Festa Mayor de Rubí". Se organizó el VI Memorial Marta Escanero, con la participación de dos equipos de la EWZ y de la UA Barcelona y C.W. Santoña. El torneo fue ganado por el equipo absoluto de la EWZ; Victoria Barrios consiguió el trofeo a la máxima goleadora y Lucía Escanero el de mejor portera.
La temporada se redondeó con la victoria de nuestros jóvenes jugadores en la edición nacional del Trofeo Rafael Feliz al derrotar en una disputada final al Concepción de Madrid. Alex Ortiz, del Rubí, fue el máximo goleador y Fernando Valdivieso, del C.W. Valencia el portero menos goleado.
Segio Martínez, Alberto Montaner, Carlos Murillo, Pablo Tazueco y Víctor Trillo consiguieron, con el equipo de Aragón, la medalla de bronce en el campeonato de España por federaciones territoriales jugado en Jaén. También jugaron varios torneos preparatorios con el equipo aragonés en Valencia y Santoña. Por su parte Miguel Barrios, David Cebrián, Adrián López, Omar Madero, Javier Muños, Miguel Murillo y Guillermo Tejero formaron parte del equipo de Aragón en un torneo amistoso organizado en Ejea de los Caballeros.
La Federación Aragonesa de Natación concedió el premio de Mejor Deportista Femenina a Lucía Escanero.