En la temporada 98/99 nos deja José V. Aguado, que tan magnífico trabajo había realizado con los jugadores alevines, y en su lugar se incorpora Ignacio Fumanal. Como incorporaciones destacadas tenemos las de Ignacio Bartolomé y David Blas entre los chicos y la de Casandra Pérez entre las chicas. Desciende el número de jugadores esa temporada quedando en 83 los componentes de la EWZ. En categoría masculino se interviene en la Copa de Aragón y en los campeonatos de Aragón juvenil, donde fuimos terceros, cadete, también terceros e infantil en el que el equipo A fue tercero y el B, séptimo, en un recordado campeonato en el que Helios, Olivar y EWZ sacamos dos equipos y Casablanca uno (catorce jornadas de campeonato más la fase final). Ya no se ha vuelto a repetir. El campeonato alevín mixto volvió a ser un duelo entre los equipo A y B de Olivar y EWZ, siendo segundos y cuartos. En categoría femenina, se realizan campeonatos regionales en categorías absoluta, cadete e infantil con equipos A,B y C de la EWZ. Después de ganar con comodidad la fase preliminar en Sagunto, participamos en la Fase Final de la Copa de la Reina, siendo finalmente sextas. En el Campeonato de España Junior femenino, celebrado en Alcorcón, conseguimos un meritorio sexto puesto, después de ganar a Sant Andreu en un memorable partido en el que remontamos 6 goles de diferencia en el último cuarto, y perder en un disputado encuentro con Mediterrani por 4-3, para el 5º-6º puesto.Esa temporada se celebró el XV aniversario de la EWZ y para conmemorarlo se organizó en correspondiente trofeo, ese año sólo en categoría femenina en el que intervinieron la Selección Catalana juvenil, el C.N. Ondarreta, la A.R. Concepción y la EWZ, que quedó en tercera posición. El trofeo fue ganado por la selección catalana. También fuimos invitados al trofeo Ciudad de Alcorcón en categoría femenina.
La noticia triste de la temporada fue el fallecimiento de Marta Escanero, que había sido portera de nuestro equipo femenino y posteriormente del C.N. Helios. En su honor se creó en Memorial Marta Escanero y ese año consistió en un partido entre sus antiguas compañeras del C.N. Helios y de la EWZ.
El trofeo Rafael Feliz lo disputaron seis equipos de la EWZ y el Prater ocho equipos, seis de jugadores de la EWZ, el Brilan y el Old Star. También se siguió celebrando el tradicional trofeo Escuela de Natación para que nuestros jugadores no olviden que además de jugar a waterpolo, también hay que nadar. En los Campeonatos de España por Federaciones Territoriales, en Infantil masculino sólo tuvimos a Valentin Gil como representante del a EWZ en el Campeonato celebrado en Dos Hermanas, en el que fue cuarto el equipo aragonés. Más nutrida fue la representación en la selección juvenil femenina, donde Lucía Escanero, Rocío Belenguer, Marta Prat, Isabel Prat, Leyre Salueña, Ana Ajovín, Rebeca García, María Clemente, Beatriz Ajovín, Ana C. Puerto y Patricia Prat, consiguieron la medalla de bronce en el campeonato celebrado en la piscina de bomberos.
