En la temporada 1999/2000 se mantiene el mismo cuadro técnico que el año anterior. Tano sigue con los cadetes y juveniles, Francisco Orizo con las chicas e Ignacio Fumanal con los alevines. Aumenta ligeramente, respecto al año anterior, el número de jugadores llegándose a los 89. Esa temporada se incorporan a la EWZ Alberto Montaner y Andrea Blas. En categoría masculina se participa en los Campeonatos de Aragón Cadete, donde somos terceros, e Infantil en el que nos clasificamos terceros entre seis equipos participantes. En Categoría Femenina se juegan los campeonatos de Aragón Absoluto, con tres equipos de la EWZ, y el Cadete e Infantil con dos equipos, también de la EWZ. En la categoría Alevín Mixta comienza a destacar la generación del 87 que consigue brillantemente el campeonato de Aragón al derrotar al Olivar. Primer triunfo de los chicos y chicas de esta edad que tantos éxitos nos irían ofreciendo en años sucesivos, siempre apoyados por los del 85, 86 y 88. La actividad nacional de esa temporada se centra en las chicas y lo más destacables es la participación en la primera Liga Nacional de Primera División que se creó ese año, según una idea y propuesta de nuestro entrenador Francisco Orizo, como sustitución de los torneos de años anteriores. Participaron seis equipos Hospitalet, Sant Feliu, Moscardó, Concepción, Dos Hermanas y EWZ. Nuestras jugadoras consiguieron el quinto puesto y evitar el descenso, gracias a una victoria sobre Dos Hermanas y un empate con Hospitalet. Se jugó la Fase Final de la Copa de la Reina en Barcelona, siendo nuestro equipo el sexto clasificado. En categoría junior se jugo el Campeonato de España en Sant Feliu consiguiendo el quinto puesto al derrotar al Sant Andreu.
En lo que hace referencia a torneos amistosos hay una amplia participación. Los chicos infantiles participaron en la Gabon Kopa en Leioa enfrentándose a la Asociación del Norte de Portugal, entre otros. En categoría femenina jugamos el VIII Trofeo Ciudad de Alcorcón, el X Trofeo Ciudad de L'Hospitalet y organizamos dos torneos en Bomberos. Un torneo Nacional Femenino en el que intervinieron Rubí, Moscardó, C.W. Madrid y la EWZ, en el que fuimos terceros al derrotar al Moscardó, y el II Memorial Marta Escanero con Ondarreta, Moscardó y Sant Andreu, y en el que también fuimos terceros al empatar con Moscardó y Sant Andreu.
En el Rafael Feliz interviene seis equipos de la EWZ y siete en el Prater. En lo que respecta a selecciones autonómicas, Aitor García, Mario García, Lorenzo Palos, Raúl Romeo e Ignacio Tello consiguen la medalla de bronce en el campeonato infantil por Federaciones Territoriales jugado en El Ferrol. Por su parte, Beatriz Ajovín, Lucia Escanero, Lorena Feliz, Rebeca García, Iris Laborda, Ana Laga, Adriana Martínez, Alicia Montaner, Casandra Pérez, Isabel Prat, Marta Prat, Patricia Prat, Ana C. Puerto y Sara Soler consiguen también la medalla de bronce en el nacional juvenil jugado en Zaragoza y donde a punto estuvieron de sorprender al equipo madrileño.
